ریشه زعفران همانند کلاله‌ی آن، دارای ویتامین های B۱ ،B۲ ،B۶ و C، عناصر معدنی از قبیل آهن، منگنز و کلسیم است اما نسبت به کلاله دارای مقدار کمتری از این مواد است. گفتنی است که ریشه برخلاف رشته های سرخ رنگ زعفران دارای مقدار کمتری کروسین است و بخاطر همین رنگدهی پایین تری دارد چون کروسین عامل اصلی رنگ دهی زعفران است. در نتیجه نمی توان در پیشگیری و درمان بیماری های چشمی، دیابت، آلزایمر و بهبود حافظه که از موارد درمانی کروسین است استفاده کرد، اما چون سایر مواد مفید موجود در کلاله را دارد، می تواند برای درمان اختلالات خلقی از جمله ۱- افسردگی، ۲- نشاط آوری و ۳- از بین بردن بوی بد دهان، ۴-شادابی پوست، ۵-تقویت قوای جنسی و ۶-بهبود عملکرد قلب و کبد مورد استفاده قرار گیرد. ریشه زعفران همچنین ۷-مقوی معده و مثانه نیز می باشد.