وظایف اصلی موتور فن در خودرو عبارتند از: خنک‌کنندگی موتور: موتور فن به منظور خنک‌کردن موتور از طریق جریان هوای خنک، هوای گرم موتور را از طریق رادیاتور به خارج از خودرو انتقال می‌دهد. این جریان هوا، حرارت موتور را تا حد مطلوبی کاهش می‌دهد و از افزایش دمای موتور جلوگیری می‌کند. خنک‌کنندگی سیستم تهویه: موتور فن در خنک‌کردن سیستم تهویه خودرو نقش دارد. این موتور با ایجاد جریان هوای خنک در سیستم تهویه، می‌تواند هوای خارجی را از طریق فیلترها و سیستم‌های تهویه به داخل خودرو هدایت کند و همین امر در عملکرد سیستم تهویه داخلی خودرو موثر است. کنترل دمای خودرو: موتور فن در برخی خودروها با توجه به نیاز دمایی محیط، میزان گرما و سرما را تنظیم می‌کند. در صورتی که دمای موتور بالا باشد، موتور فن با سرعت بیشتر کار می‌کند تا حرارت را به دمای مطلوب برساند، و در صورتی که دمای موتور پایین باشد، موتور فن کار کمتری انجام می‌دهد یا به طور کامل خاموش می‌شود تا دمای موتور به حداقل برسد.