تخمه هندوانه همانند میوه اش طبعی سرد و خنک دارد. از خواص تخمه هندوانه می توان به جوان سازی و آبرسانی پوست، رفع جوش و آکنه اشاره کرد؛ همچنین تخمه هندوانه تقویت و رشد مو ها را به همراه دارد و از تغییر رنگ موها و سفیدی زود رس آن ها جلوگیری می کند. به دلیل وجود امگا3 و 6 موجود در تخمه هندوانه، کبد پاکسازی و سم زدایی می شود. تخمه هندوانه از آن دسته تنقلاتی است که برای افراد دچار بیماری دیابت که قند خون بالایی دارند بسیار توصیه می شود. فیبر موجود در تخمه هندوانه علاوه بر کاهش وزن و جلوگیری از چاقی به بهبود مراحل هضم غذا و تقویت معده نیز کمک می کند. توصیه ما به افرادی که چربی خون بالایی دارند مصرف تخمه هندوانه است که با کاهش چربی و کلسترول مضر خون به سلامت قلب کمک بسیاری می کند. وجود کلسیم در تخمه هندوانه باعث سلامت استخوان ها و دندان ها می شود و نیز سبب جلوگیری از پوکی استخوان می شود. وجود مواد معدنی مانند فسفر، روی، آهن، منیزیم، مس، سدیم و پتاسیم باعث تقویت مغز و حافظه می شود و از آلزایمر جلوگیری می کند.